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牛顿还是一位炼金术士，他对炼金术和炼金术文献有着浓厚的兴趣。他的炼金术研究虽然没有像他的科学工作那样产生显着的成果，但这些研究帮助他形成了对自然界的整体观念。
在个人生活方面，牛顿一生未婚，但他与多位女性有过关系。他与一位名叫安妮·斯托雷的寡妇有过长期的友谊，她可能是他孩子的母亲。牛顿的个人生活相对私密，他很少与人分享自己的感情和私人事务。
牛顿在1703年被选为英国皇家学会的主席，这是对他科学成就的最高认可。他在这个职位上一直担任到去世。1705年，牛顿被封为爵士，成为了英国贵族。
牛顿于1727年3月31日在伦敦去世，享年84岁。他被葬在西敏寺，这是对他为英国科学和文化所做贡献的最高荣誉。牛顿的遗产是巨大的，他的科学方法和理论对后世产生了深远的影响，他的工作至今仍是物理和数学教育的核心内容。